運輸費用是物流管理中心的最大支出項，包含車輛折舊，人員工資，油費，維修費，保險費。考慮到城市限行，醫院場地，裝載率等因素，目前醫院配送多采用歐式輕型客車以依維柯或全順為主。醫院藥房有嚴格的接收時間要求，配送車輛必須在時間窗口內送達。因為很多醫院有上架要求，每輛車一般配一名司機和一名搬運工。在車輛容積，車輛型號，單車人員配備都固定的情況下，降低單箱運輸費用的重點在于根據銷售部門的銷售預算箱數提前規劃好車輛能力，從而提升單車的裝載率和車輛的出勤率。

　　在北上廣這樣的城市，由于擁堵，單行線等制約，路線優化軟件很難應用，路線劃分更多的是靠歷史經驗積累。依靠車載GPS數據提取車輛運行速度的歷史數據，要求配送員工手工記錄交接時間這樣的相對原始的手段來獲得路線數據。

　　某醫藥商業公司的路線分為城市線，郊區線和冷藏線，城市線每天配送2次，上下午各一次，郊區線一天一次，冷藏線也是一天一次。城市線早上發生時間為6點，下午發生時間為13點。一般上下午配送的箱數比為7:3，上午用時更長。2個班次合起來運輸時間接近10小時。郊區線和冷藏線都是早上發車，晚上回。

　　按照如下的公式計算一條線路的配送時間。

　　標準配送時間=時速系數*公里數+件數交付系數*件數+點數交付時間*點數

　　其中時速系數按照40,50,60公里/小時三擋計算；基于GPS歷史數據

　　點數交付時間：按每個點5分鐘核算，固定定額時間。

　　件數交付系數：每箱交接時間。 根據一般醫院，上架要求醫院等具體要求分解為幾個固定值。一件交接為1分鐘。 雖然整箱和零揀一件交接時間差異很大，但此處未更詳細展開。

　　調度根據車輛容積，客戶需求箱數，客戶位置等輸入數據，將客戶分配到每一條線數中。要求上午用時不超過6小時（12點前送達），送貨總量不超過車輛的容積。下表是某物流管理中心的經過改善的實際車輛裝載率與出車次數。